Эндокринологическое отделение — ведущее профильное структурное подразделение в здравоохранении Вологодской области, оказывающее специализированную медицинскую помощь пациентам с эндокринной патологией (стационар на 40 коек, ежегодно проходят лечение свыше 700 человек).

В 1973 году в Вологодской областной больнице было организовано эндокринно-диспансерное отделение, которым руководила  до 1974г. Анна Ивановна Позднякова, до 1976г. — Генриетта Борисовна Бехтель, с 1976г. по 2003 г. — Михаил Николаевич Кошинин, заслуженный врач РФ, эндокринолог высшей квалификационной категории. В 1987 году эндокринно-диспансерное отделение было реогранизовано в эндокринологическое. С 2003 по 2010 г. отделением руководила врач-эндокринолог Микшина Галина Алексеевна, с 2010 г. по 2015 г. — Власов Александр Георгиевич, с 2015 г. — Сергеева Татьяна Викторовна. С момента открытия по настоящее время в должности старшей медицинской сестры работает Крашенина Галина Владимировна, медицинская сестра высшей квалификационной категории.

          Отделение расположено в правом крыле 3 этажа хирургического корпуса (ул.Лечебная, 17). Имеется 8 палат( вместимостью по 4 койки) , где развёрнуто 32 койки для круглосуточного стационара, кроме того-1 одноместная палата повышенной комфортности. В структуре развернут 1 процедурный кабинет.  

За годы деятельности отделения в лечебную практику внедрены новые медицинские технологии, в том числе подиатрическая помощь и обучение больных сахарным диабетом, а также новые методы диагностики (магнитно-резонансная томография, ультразвуковые исследования, иммуно-ферментные, радиоизотопные  и биохимические исследования уровня гормонов в крови, суточное мониторирование гликемии, пункционная биопсия узловых образований щитовидной железы, гликированного гемоглобина, С-пептида, методов подиатрической диагностики и др.) и лечения (использование современных лекарственных препаратов, в т.ч.  инсулина, инкретинов, пероральных сахароснижающих средств, помповая инсулинотерапия, плазмоферез и др.) в эндокринологии. В результате активной деятельности отделения год от года растут показатели выявляемости заболеваний эндокринной системы, улучшилась ранняя диагностика нарушений углеводного обмена и заболеваний щитовидной, паращитовидных желез, улучшилось качество жизни больных сахарным диабетом, увеличилась средняя продолжительность жизни этих пациентов.

Сегодня в отделении трудятся врачи-эндокринологи: С.М.Толстова (высшая квал.кат.), Г.А.Микшина (1 квал.кат.), Л.А.Усачёва (высшая квал.кат.),  Т.В.Сергеева (первая квал.кат.), Т.Н.Кузис; медицинские сёстры: Г.И.Смирнова (высшая квал.кат.), Г.Г.Стряпухина (высшая квал.кат.), Н.А.Шадрина (высшая квал.кат.), Е.А.Рыбкина (высшая квал.кат.), Е.А.Смирнова; сестра-хозяйка Н.Н.Смелова; санитарка-буфетчица Н.К.Петрова; санитарки: А.В.Давыдова, Н.В.Агафонова.